Wenn bestimmte Aufgaben von Bund und Ländern gemeinsam finanziert werden sollen, kommt dem so genannten Königsteiner Schlüssel eine entscheidende Rolle zu. Der finanzielle Anteil eines Landes hängt danach vom Steueraufkommen (Zwei Drittel) und der Bevölkerungszahl (Ein Drittel) ab. Die Berechnung des Königsteiner Schlüssels wird jährlich vom Büro der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz durchgeführt.
Der Königsteiner Schlüssel hatte seinen Ursprung im Königsteiner Staatsabkommen von 1949 und verfolgte das Ziel, wissenschaftliche Forschungseinrichtungen zu finanzieren. Inzwischen wird er weit darüber hinaus angewendet. Zahlreiche Gesetze und Vereinbarungen greifen auf ihn zurück. Auch Flüchtlinge und Asylbewerber werden nach dem Königsteiner Schlüssel auf die Länder verteilt.
Aufgrund seiner geringen Bevölkerung und seines niedrigen Steueraufkommens trägt Mecklenburg-Vorpommern an gemeinsamen Finanzierungen nur einen Anteil von zwei Prozent. Hauptträger sind Nordrhein-Westfalen mit 21%, Bayern mit 15% und Baden-Württemberg mit 13%.