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Nach ihrem Sanitätseinsatz in Russland, bei dem sie ausgezehrte und misshandelte jüdische Frauen auf dem Weg zu ihrer Zwangsarbeit beobachtet und von Massenerschießungen gehört hatten, sind Hans Scholl und Alexander Schmorell umso entschlossener, Widerstand zu leisten. Nun schließen sich auch Sophie Scholl, die schockiert ist von der Ermordung geistig behinderter Kinder, Willi Graf, Christoph Probst und schließlich auch Kurt Huber an. Sie formulieren gemeinsam das fünfte Flugblatt, das nicht mehr mit „Flugblätter der Weißen Rose“ überschrieben war.
Das fünfte Flugblatt der Gruppe, im Dezember 1942 unter dem Eindruck der verlorenen Schlacht um Stalingrad geschrieben, stieß in das gleiche Horn wie das vierte: „Hitler kann den Krieg nicht gewinnen, nur noch verlängern!“ Nun gehe es nur noch darum, dass die Deutschen einerseits nicht das gleiche Schicksal erleiden wie die Juden und andererseits nicht mit den Nazi-Verbrechern gleichgesetzt werden. Man solle nicht glauben, dass der Bolschewismus das größere Übel und „Deutschlands Heil“ vom Sieg des Nationalsozialismus abhängig sei. Stattdessen wurde ein Bild eines freiheitlichen Europas gezeichnet, das erreicht werden könne.
Das sechste Flugblatt wurde Anfang Februar 1943 von Kurt Huber formuliert und richtete sich direkt an die Studentinnen und Studenten der Universität München. Das „Kommilitoninnen! Kommilitonen!“ überschriebene Flugblatt wendet sich an die jungen Menschen in Deutschland und bezieht sich in erster Linie auf die ihnen vorenthaltene „Freiheit und Ehre“. Die Nazis hätten im Namen von Freiheit und Ehre des deutschen Volkes ganz Europa in ein Blutbad verwandelt. Wenn die jungen Menschen jetzt – auch vor dem Hintergrund der Vernichtung der sechsten Armee in Stalingrad – nicht endlich widersprächen, kämpften, rächten und sühnten, bliebe der „deutsche Name […] für immer geschändet“.
Das fünfte und sechste Flugblatt wurden jeweils in einer Auflage von 6.000 Stück vervielfältigt und wurden in München, Augsburg. Stuttgart, Linz und Wien verbreitet. Zeitgleich schrieben Hans Scholl, Alexander Schmorell und Willi Graf nachts nazifeindliche Parolen wie „Massenmörder Hitler“ an Münchener Hauswände.
Nach dem Erscheinen des fünften Flugblatts bildete die Gestapo eine Sonderkommission und verschärft die Ermittlungen gegen die Urheber. Diese blieben jedoch zunächst ohne Ergebnis.
Am 18. Februar jedoch verteilten Sophie und Hans Scholl das sechste Flugblatt in der Universität und warfen die restlichen Flugblätter in den Lichthof des Gebäudes. Dabei wurden sie von Hausmeister der Universität gesehen, der sie festhielt und der Gestapo übergab.
Hans und Sophie Scholl wurden stundenlang verhört und legten am folgenden Tag ihre Geständnisse ab. Der Entwurf eines weiteren Flugblattes aus der Feder Christoph Probsts führte die Gestapo auch zu ihm. Er wurde gemeinsam mit den Geschwistern Scholl am 22. Februar 1943 wegen „landesverräterischer Feindbegünstigung, Vorbereitung zum Hochverrat und Wehrkraftzersetzung“ zum Tode verurteilt. Alle drei wurden noch am gleichen Tag mit dem Fallbeil hingerichtet.
Am 19. April fand der Hochverratsprozess gegen weitere 14 Mitglieder der Gruppe Weiße Rose statt. Gegen Alexander Schmorell, Willi Graf und Kurt Huber wurden Todesurteile verhängt, zehn weitere Angeklagte erhielten langjährige Zuchthaus- und Gefängnisstrafen.
Nach der Hinrichtung der ersten drei Gruppenmitglieder tippten Hans Leipelt und Marie-Luise Jahn den Text des sechsten Flugblatts mehrfach ab und gaben ihm eine neue Überschrift: „… und ihr Geist lebt trotzdem weiter!“ Hans Leipelt gab das Flugblatt an Regimegegner in Hamburg weiter, um es zu vervielfältigen und in Hamburg zu verteilen. Als sie Geld für die Witwe Kurt Hubers sammelten, die durch seinen Tod mittellos war, wurden sie verraten und verhaftet. Die Gestapo verschärfte anschließend abermals die Ermittlungen und findet weitere Mitstreiter. Der Volksgerichtshof sitzt am 13. Oktober 1944 über Hans Leipelt, Marie-Luise Jahn und weitere Unterstützer zu Gericht. Da er alle Schuld auf sich nimmt, wird lediglich Hans Leipelt „wegen Vorbereitung zum Hochverrat“ zum Tode verurteilt. Marie-Luise Jahn und die anderen zum Teil zu Haftstrafen verurteilt.
