Die CDU in Mecklenburg-Vorpommern wurde 1945 als Sammlungsbewegung bürgerlich-konservativer Kräfte gegründet. Bei den ersten und gleichzeitig letzten halbwegs freien Landtagswahlen in der Sowjetischen Besatzungszone im Jahr 1946 erreichte die CDU hier das beste Ergebnis von allen ostdeutschen Ländern. Im Zuge der Etablierung der SED-Herrschaft musste sich die CDU schon bald in den Parteienblock der „Nationalen Front“ unter Führung der SED einfügen. Die “Nationale Front” sollte den Parteienwettbewerb verhindern und breite Teile der Bevölkerung in das neue diktatorische System integrieren und kontrollieren. In dieser Rolle trug die CDU zur Stabilisierung der DDR bei. Jedoch galt die Union den SED-Machthabern aufgrund ihrer christlichen Ausrichtung stets als unzuverlässig. Innerhalb der Partei führte dies zu dauerhaften Spannungen zwischen der angepassten Parteiführung und der Mitgliederbasis. Nachdem dieser Konflikt während der Friedlichen Revolution im Herbst 1989 offen ausbrach, grenzte sich die CDU schnell und klar von Planwirtschaft und Sozialismus ab.
Im März 1990 schlossen sich die Bezirksverbände Rostock, Schwerin und Neubrandenburg zu einem Landesverband zusammen. Zur ersten freien Abstimmung in der DDR, der Volkskammerwahl am 18. März 1990, traten die Christdemokraten im Bündnis mit der Bürgerrechtsgruppe Demokratischer Aufbruch (DA) und der Deutschen Sozialen Union (DSU) an. Diese „Allianz für Deutschland“ war vor allem auf Betreiben des damaligen Bundeskanzlers Helmut Kohl geschmiedet worden. Im Juli 1990 fusionierte sie mit der in der landwirtschaftlich geprägten Region nicht unbedeutenden Demokratischen Bauernpartei Deutschlands (DBD). Diese wurde ihrerseits 1948 durch die SED als Konkurrenzorganisation zur CDU gegründet und war als Mitglied im Blocksystem der „Nationalen Front“ eine wichtige Stütze der SED-Führung. Allerdings entschieden sich nur etwa zehn Prozent der Mitglieder der DBD für den Übertritt zur Union.
Der Wandel von der Blockpartei zu einer bürgerlichen Partei unter den Bedingungen eines freien politischen Wettbewerbs ging nicht spurlos an der CDU vorüber. Die Zahl der Parteimitglieder sank von 18.300 (1990) auf rund 5.600 (2014), wobei die Christdemokraten dennoch mitgliederstärkste Partei im Land sind. Prägendes Aushängeschild des Landesverbandes ist seit vielen Jahren die Bundeskanzlerin und CDU-Bundesvorsitzende Angela Merkel, die den Wahlkreis Vorpommern-Rügen/Vorpommern- Greifswald I im Bundestag vertritt.
Mit Alfred Gomolka stellte die CDU 1990 den ersten Ministerpräsidenten von Mecklenburg-Vorpommern. Gomolka musste 1992 aufgrund parteiinterner Machtkämpfe zurücktreten und das Amt an Berndt Seite übergeben, der von 1994 bis 1998 einer Großen Koalition mit den Sozialdemokraten vorstand. Nach acht Jahren in der Opposition sind die Christdemokraten seit 2006 als Juniorpartner der SPD erneut in Regierungsverantwortung.